Comment éviter une deuxième vague ? Avec 100 000 tests par jour, répond le gouvernement. La solution de SeqOne, en cours d’industrialisation, semble à la mesure du défi posé par le déconfinement. Explications avec Jean-Marc Holder, son COO.

« Dès qu’on a constaté que le Covid-19 allait être un vrai sujet, on a stoppé tout ce qu’on faisait. Et on a réalisé que le grand problème, c’était le test. » Jean-Marc Holder, COO de SeqOne, se souvient de l’intensité qui a marqué ces 6 dernières semaines. La start-up propose une plateforme d’analyse de données génétiques, composée d’applications spécialisées par type de pathologie. L’équipe a redoublé d’efforts pour en faire un outil de dépistage massif du coronavirus, avec l’aide de ses partenaires industriels. Voici comment. 

En quoi votre solution est-elle plus performante ?

Elle repose sur les travaux de chercheurs américains, qui ont réussi à modifier le fonctionnement des séquenceurs* actuels pour réaliser jusqu’à 20 000 tests par cycle. Toutes les données sont ensuite analysées sur notre plateforme, optimisée pour être simple à utiliser par quelqu’un qui a une formation médicale plutôt qu’informatique. L’objectif, c’est que chacun reste dans son métier. 

Pour les tests qPCR* il y a une phase d’extraction qui consiste à isoler l’ADN présent sur les écouvillons, ces tiges utilisées pour le prélèvement. On le purifie pour mieux l’analyser. Mais cette phase est un goulot d’étranglement. Avec notre solution, on peut se passer de l’extraction. Tout part directement en séquençage*. C’est plus efficace et ça réduit les coûts. 

Et pour traiter 20 000 échantillons sur un séquenceur au lieu d’une dizaine, on attache une sorte d’étiquette sur chaque échantillon, un code barre moléculaire. On séquence tous les échantillons ensemble et à la fin, on peut retrouver à quel patient appartient chaque échantillon. 

D’autres avantages dans l’analyse des résultats des tests ?

Oui, notre solution présente aussi un avantage épidémiologique. Elle permet de centraliser tous les résultats sur une même plateforme, donc de les analyser facilement à grande échelle. On peut comparer la contamination d’une région à l’autre. On pourrait envisager de faire des tests aléatoires pour évaluer la vitesse de propagation du virus et anticiper une éventuelle deuxième vague. 

Quelles sont les limites des tests actuels ?

Il existe 2 grandes familles de tests. D’abord, les tests sérologiques*, qui détectent la présence d’anticorps mais ne disent pas si l’on est contagieux. Ensuite, les tests qui détectent la présence du virus, grâce aux séquences génétiques qui le caractérisent. 

Parmi ce dernier type de tests, on entend beaucoup parler de tests qPCR. Ils utilisent une ancienne méthode de séquençage qui fait très bien l’affaire. Le problème, c’est que la plupart des machines qPCR peuvent réaliser entre 30 et 100 tests par cycle maximum. Les machines les plus performantes atteignent 2 000 à 3 000 tests par cycle. Elles analysent beaucoup de données mais sur un nombre limité d’échantillons.

Combien de tests espérez-vous réaliser chaque jour ?

Fixer les objectifs, c’est le rôle du gouvernement. S’il décide de faire beaucoup de tests, on est là pour fournir les outils dont il a besoin. Son objectif de 100 000 tests par jour me semble réaliste. La solution de SeqOne permet de faire 20 000 tests par cycle avec une seule machine, et il faut ajouter les autres solutions mobilisées par le gouvernement, dont les tests qPCR.  

Avec qui travaillez-vous pour industrialiser votre solution ?

On cherche toujours à développer nos solutions dans un contexte industriel, pour répondre aux questions de logistique, de gestion des données, de process… On a un partenariat avec OVH, fabricant de serveurs français. Son cloud souverain est très sûr et performant, ce qui est important quand on gère autant de données.  

On a aussi travaillé en partenariat avec les plus grands labos d’analyse français pour être sûr que la solution s’intègrera dans leurs systèmes informatiques. On ne veut pas qu’ils aient à saisir 20 000 dossiers de patients à la main ! Et on a sollicité le gouvernement très tôt, qui nous a mis en contact avec l’équipe du plan France Médecine Génomique.   

Que vous apporte cette collaboration ?

C’est la clé dans ce projet. Pour qu’une start-up de 30 personnes développe une solution d’ampleur nationale en 6 semaines, il faut mobiliser tout un écosystème d’acteurs publics et privés. En plus du gain de temps, on a gagné en capacités. OVH nous a aidé à démultiplier nos ressources pour le stockage des données. Les labos nous ont permis d’améliorer plus rapidement nos protocoles en partageant leur expérience avec nous. Et ils ont un maillage logistique national. Si on a besoin de récupérer des écouvillons à Brest, pas de souci. Mutualiser les ressources pour arriver à des résultats plus ambitieux, c’est quelque chose qui ne se fait pas encore assez.

Quelles sont les prochaines étapes ?

Soumettre le protocole à l’approbation des autorités. Quand ce sera fait, la Haute Autorité de Santé définira le taux de remboursement du test par l’Assurance Maladie. Ensuite, on pourra le commercialiser. On espère que ça va être assez rapide. 

Vous envisagez un déploiement à l’étranger ?

Tout à fait ! Notre priorité c’est de servir notre marché en premier, mais on a déjà reçu des demandes venant de l’étranger. C’est le tout début du processus et on aimerait que ça se concrétise. 

 

* Pour tout comprendre 

Écouvillon : outil composé d’une tige dont l’une des extrémités est recouverte de coton, utilisé pour effectuer des prélèvements lors d’un test de dépistage. 

Test qPCR : méthode de dépistage par la recherche du génome d’un virus parmi les cellules d’un patient, prélevées à l’aide d’un écouvillon. 

Test sérologique : méthode de dépistage par la recherche d’anticorps spécifiques à un virus dans le sang d’un patient, pour savoir s’il a été infecté par ce virus. 

Séquençage génomique : analyse d’un fragment d’ADN qui consiste à le découper pour identifier l’ordre des molécules qui le composent. 

Séquenceur d’ADN : appareil utilisé pour analyser l’ADN par séquençage.